Om Naturvårdsverket i sin prövning bedömer att de inte kan bevilja bidrag för ansökt projekt beslutar de om avslag på ansökan. Detta kan exempelvis ske om ansökan har gjorts utifrån fel förordning, om åtgärderna inte bedöms som miljömässigt och ekonomisk rimliga att genomföra eller om ansvar för föroreningsskadan bedöms finnas och bidrag därför inte kan beviljas.
Beroende på hur många andra ansökningar som inkommit och hur mycket medel som finns tillgängliga, kan Naturvårdsverket även behöva avvakta med att fatta beslut om beviljande av medel tills det finns utrymme i det anslaget för sanering av förorenade områden. Naturvårdsverket meddelar då länsstyrelsen detta så att länsstyrelsen kan hålla huvudmannen uppdaterad om statusen för ansökan.